乳酸菌は、古くから伝統的な発酵食品に利用されてきましたが、この乳酸菌を最初に観察したのは、オランダのレーウェンフック（1632−1723）だと言われています。彼は自分で簡単な顕微鏡を作り、身の回りの種々な微生物を観察し記録していましたが、そのときに野菜や乳の中に乳酸菌の姿を観察したであろうと言われています。 しかし、本格的に乳酸発酵を調べたのは、フランスの科学者パスツール（1822−1895）です。彼は、永い間謎とされてきた発酵や腐敗が微生物によってなされ、微生物が他の生物と同じように増殖と死滅を伴うことを科学的に明らかにした最初の人で、微生物学の祖と言われています。 また、乳酸菌を最初に純粋に分離したのは、イギリスの外科医リスターであると言われていますが、細菌分離に欠かせない確実な方法である“平板培養法”を考案し、確立したのはドイツのコッホ（1843−1910）です。彼は、液体培地に細菌を培養してきた従来の方法とは違い、固形培地上に細菌の集落（コロニー）をつくらせる画期的な方法を確立しました。さらに彼は、この方法を用いて細菌を純粋分離するだけでなく、コレラ菌など伝染病の病原菌を次々と発見し、近代細菌学の父と言われています。 このように、19世紀後半にパスツールによって開拓された微生物学は、コッホの細菌分離法によって拍車がかけられ、以降、その門下生たちによって次々と新しい細菌が発見されるようになりました。 まず、1899年パスツール研究所のティシエは、母乳栄養児の糞便からビフィズス菌を発見しました。また、20世紀の初頭になって、メチニコフ（1845−1916）は、ブルガリア地方を旅し、ブルガリア人がブルガリア菌を多量に含有するヨーグルト（トラキア語でヨグは｢硬い｣、ルトは｢乳｣を意味する）を常食しており、このことがこの地方の人たちの長寿を保つ秘訣になっていると考え、｢不老長寿説｣を提唱しました。この説は、ヨーグルトがヨーロッパに広がるきっかけをつくるとともに、はっ酵乳の栄養・生理学的な効果についての研究を促すきっかけにもなりました。